永宁县人民检察院下设８个职能科室，分别为办公室、政工科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、侦查监督科、公诉科、民事行政检察科、控告申诉检察科。内设机构职责：

　1、政工科
　　主要职责是在本院党组的领导下搞好思想政治工作；负责队伍建设、干部人事管理、机构编制、检察官等级和法警警衔评定和管理、老干部工作、执法检查、干警培训、检察调研等工作；相关文件起草、会议记录、承办相应秘书事务；承办院党组决定的有关事项。

　2、办公室
　　主要职责是协助院领导组织开展全院各项活动；负责印信、文秘、信息、简报、档案管理、保密、安全、财务、装备、后勤服务、办文办会，对外接待等。

　3、反贪污贿赂局
　　主要职责是惩治腐败，负责贪污、贿赂、挪用公款犯罪案件的查处工作。

　4、反渎职侵权局
　　负责国家机关工作人员的渎职、侵权犯罪案件的查处工作。

　5、侦查监督科
　　主要职责是开展立案监督和侦查监督；负责审查批捕和决定逮捕工作；负责青少年维权和社会治安综合治理工作。

　6、公诉科
　　主要职责是开展诉讼监督；负责审查起诉和派员出庭支持公诉；青少年维权工作。

　7、民事行政检察科
　　主要职责是依照法律规定对人民法院民事审判活动和行政诉讼活动实行法律监督，主要方式是由人民检察院依法对人民法院生效的民事、行政判决或裁定提出抗诉或提出检察建议。

　8、控告申诉检察科
　　主要负责刑事控告、申诉检察和刑事赔偿，包括受理控告、举报；受理不服不批捕、不起诉、撤案等决定的申诉；接待人民群众来信来访；开展法制宣传工作。另外，举报中心并入，负责受理和初查各类犯罪案件举报线索。